会計検査院は11月10日、令和元年度決算検査報告を菅義偉首相に提出した。不当事項（検査の結果、法律、政令若しくは予算に違反し又は不当と認めた事項）のうち、環境省関係では循環型社会形成推進交付金、再生可能エネルギー等導入推進基金の2件が該当し、額はそれぞれ5435万円、3305万円だった。
循環型社会形成推進交付金で不当とされたのは、4事業主体で、廃棄物の処理に直接必要な設備等に該当せず、交付の対象とならない構内道路等の整備等に要した費用を交付対象事業費に含めていたこと。またこのうち3事業主体では、同工事のうち現場管理費について、純工事費から特殊製品費の1/2に相当する額を減額しておらず、さらに取り扱い要領に定められた所定の率と異なる高い率を用いて算出した事業主体もあった。また別の1事業主体では、計上すべき施工管理業務にかかる委託料を工事費に含め、改めて当該委託料を事務費に計上すると工事費に所定の率を乗じて得た額を超えることになっていた。（続きは本紙で）